فیلم پادشاهی مخفی روایت ماجرای اسرارآمیزی است که برای خواهر و برادری به نام‌های وریتی و پیتر که به ترتیب 9 و 12 سال دارند، اتفاق می‌افتد. داستان از این قرار است که وریتی و پیتر توسط یک سری موجودات رازآلود به سوی یک دنیای پنهانی هدایت می‌شوند که اتفاقا در اتاق خوابشان قرار دارد. حال آن‌ها باید ماموریت مهمی را که بر دوششان قرار گرفته است، به نحو احسن به سرانجام برسانند.