جدایی طلبان، بیشتر جمهوری کهکشانی را تسخیر کرده‌اند و بینشان حمله‌های کلونی شکل می‌گیرد. جدایی طلبان، جابا پسر هات را دزدیده‌اند تا او را مجبور کنند به جدایی‌طلبان بپیوندد. هات از آناکین اسکای واکر، اوبی وان و کنوبی می‌خواهد به انجام تحقیقات بپردازند. در همین حال جنگی وحشتناک در سیاره کریستالی کریستوفسیس بین ارتش جمهوری خواهان و نیروهای قبیله‌ای درگرفته است. آناکین، اوبی و کنوبی کمک می‌کنند که نیروهای قبیله‌ای به سمت جدایی طلبان حمله کنند و برای جمهوری‌خواهان پیروزی زودهنگام به ارمغان می‌آورند. اما این پیروزی زیاد دوام نمی‌آورد و نیروهای جدایی طلبان از راه می‌رسند. آناکین و اوبی برای انجام تحقیقات به راه می‌افتند و آسوکا به دستور یودا به عنوان دستیار در کنار آناکین قرار می‌گیرد.