داستان در مورد پسری جوان به نام کوکو میباشد که توسط پوکمون در جنگل بزرگ شده است. حال این موضوع پیوند جدیدی میان انسان‌ها و پوکمون ایجاد میکند. اما زمانی که کوکو با اَش و پیکاچو ملاقات کرده و دنیای انسان‌ها را کشف میکند، محل زندگی او تهدید شده و…