در این انیمیشن، مگامایند، ذهن برتر و نابغه‌ی شرور دنیا، با چالش جدیدی روبرو می‌شود: سندیکای نابودی، گروهی از شروران نوظهور که تهدیدی جدی برای مترو سیتی به شمار می‌روند. پس از سال‌ها تلاش برای نابودی مترومن، رقیب دیرینه و قهرمان شهر، مگامایند حالا خود را در موقعیت ناخواسته‌ای می‌بیند: باید از همان شهری که همیشه سعی در نابودی آن داشت، محافظت کند.