فیلم در دوران بازسازی میجی (اواخر قرن نوزدهم) در ژاپن رخ می‌دهد. داستان درباره یک سامورایی دوره گرد به نام کنشین هیمورا است که به نام "هیتوکیری باتوسای" شناخته می‌شود. او یکی از مرگبارترین قاتلان دوران باکوماتسو بوده، اما پس از جنگ و سقوط شوگون‌سالاری توکوگاوا، تصمیم می‌گیرد از خشونت دست بکشد و سوگند می‌خورد که دیگر هرگز کسی را نکشد. کنشین اکنون به عنوان یک دوره گرد، در جستجوی رستگاری است. داستان فیلم با ورود کنشین به توکیو آغاز می‌شود، جایی که او با کائورو کامیا ملاقات می‌کند. کائورو استاد یک مدرسه شمشیرزنی کوچک است که به خاطر حملات یک قاتل مرموز که خود را باتوسای می‌نامد، در آستانه تعطیلی قرار دارد. کائورو ابتدا فکر می‌کند که کنشین همان قاتل است، اما پس از مشاهده رفتار آرام و صلح‌جویانه او، متوجه می‌شود که اشتباه کرده است. اگر به فیلم‌های اکشن و تاریخی علاقه دارید و به دنبال داستانی پر از هیجان، احساسات و تغییرات شخصیتی هستید، "شمشیرزن دوره گرد: ریشه‌ها" انتخابی عالی برای شما خواهد بود.