فیلم شکل آب درباره رابطه منحصر به فرد زنی لال به نام الیسا است که در سال 1960 روایت می‌شود. الیسا به عنوان سرایدار یک مرکز تحقیقاتی فوق سری با موجودی دوزیست که در همان مرکز در اسارت به سرمی‌برد، رابطه‌ای عاشقانه برقرار می‌کند.