داستان این فیلم در مورد پسرکی به نام کوبو و در ژاپن باستان روایت می‌شود. او در دهکده‌ای از مادرش مراقبت می‌کند تا اینکه یک شبح از گذشته با احیا کردن انتقامی بسیار قدیمی زندگی وی را زیر و رو می‌کند. این باعث می‌شود که انواع و اقسام اتفاقات برای او رخ دهد و خدایان و هیولاها به تعقیبش بیایند. برای آنکه کوبو زنده بماند، باید زرهی جادویی را بیابد که زمانی پدر مرحومش، یک سامورایی افسانه‌ای، آن را می‌پوشیده است.