داستان فیلم «ماموریت غیر ممکن - پروتکل شبح» از مجموعه فیلم‌های ماموریت غیر ممکن، از شهر بوداپست و ماموریت یکی از اعضای تیم برای شناسایی شخصی به نام کوبالت آغاز می‌شود…