انیمیشن پرندگان خشمگین بر اساس بازی‌های ویدئویی پرندگان خشمگین ساخته شده است و ماجرا از آنجایی آغاز می‌شود که پرنده‌ای به نام قرمز که باهوش و درستکار و مهربان است یک مشکل اساسی دارد و آن‌هم این است که خیلی زود عصبانی می‌شود و همه چیز را به هم می‌ریزد. سرانجام قرمز یک روز به خاطر عصبانیتش توسط شهردار به کلاس کنترل خشم فرستاده می‌شود و در آنجا با پرندگان دیگر آشنا می‌شود. چاک پرنده‌ای زرد رنگ، شوخ طبع و خیلی فرز؛ بامب پرنده‌ای سیاه رنگ درون‌گرای حساس باقدرت انفجار بالا و ترنس یک پرنده لال و بزرگ باقدرت بدنی بالا است که استاد آن‌ها در این کلاس‌ها سعی دارد مشکلات آن‌ها را حل کند تا آن‌ها نیز بتوانند به‌راحتی مانند پرندگان دیگر زندگی کنند. تا مدتی همه چیز خوب و آرام و پیش می‌رود تا اینکه چند تا خوک سبز رنگ بزرگ وارد جزیره پرنده‌ها می‌شوند. پرنده‌های داستان ما وقتی متوجه آمدن خوک‌ها به محل زندگی‌شان می‌شوند سعی دارند بفهمند داستان از چه قرار بوده و چرا خوک‌ها به جزیره آن‌ها آمده‌اند. پرنده قرمز کارتون پرندگان خشمگین اخلاق بدی دارد و هنگام عصبانیت هرچه بر سر راهش قرار دارد را نابود می‌کند اما با همه این‌ها حتی هنگامی که کسی او را دوست ندارند و حتی دوستی نیز برای خودش ندارد بازهم با شجاعت عمل می‌کند و برای نجات جزیره و نجات تخم‌مرغ‌ها می‌جنگد. پادشاه خوک‌ها نیز دزدی می‌کند باعث آزار دیگران می‌شود اما در آخر سعی می‌کند با دروغ‌هایش اشتباهاتش را بپوشاند.