لاک‌پشت‌های نینجا پس از آنکه از بازگشت جوپیتر جیم باخیر می‌شوند، تصمیم می‌گیرند که دوباره او را نزد خود برگردانند. آنها باید آنفولانزای موشی اسپلینتر و پیامدهای آن را تحمل کنند و...