پنگوئن‌ها، موجوداتی که در سرمای بی‌رحم قطب جنوب زندگی می‌کنند، رازهای بسیاری در دل خود دارند. مستند اسرار پنگوئن‌ها سفری است به دنیای این پرندگان مقاوم و دوست‌داشتنی. با استفاده از فناوری پیشرفته، دوربین‌ها لحظات نادری را ثبت کرده‌اند: پنگوئن‌های امپراتور که با گلوله‌های برفی مهارت‌های والدینی خود را تمرین می‌کنند و جوجه‌های هیبریدی "راک‌آرونی" که به شکلی غیر منتظره با شرایط محیطی سازگار می‌شوند.