فیلم آخرین سامورایی، داستان کاپیتان ناتان آلگرن، از جنگجویان سپاه ژنرال کاستر است که با وجود سابقه بد گذشته‌اش برای یک شرکت اسلحه‌سازی به دلیل مهارتش در تیراندازی از طرف دولت ژاپن استخدام می‌شود تا برای آموزش سربازان ژاپنی به این کشور برود، هدف از تشکیل سپاه جدید از بین بردن سامورایی‌ها است.