در انیمیشن بچه های بوفالو مری و تام خواهر و برادر یتیم ایرلندی هستند که در سال ۱۸۸۶ برای دیدار با عموی خود و ادعای میراث او به نیویورک سفر می‌کنند. آنها در سفری هیجان‌انگیز با یک قطار سراسری، با یک پرستار مهربان که گروه دیگری از یتیم‌ها را همراهی می‌کند، دوست می‌شوند. اما این سفر بدون خطر نیست ...