در فیلم سه بیگانه داستان سه مامور خارجی است که برای انجام عملیاتی با یک نقشه دقیق و از پیش تعیین شده وارد ایران می شوند اما از لحظه ورود با موقعیت های ویژه ای روبرو می شوند که برنامه های آن ها را به هم می ریزد.