انیمیشن جانی پاف ماموریت مخفی، داستان جانی پاف و دوستانش را دنبال می‌کند که در یک مأموریت مخفی برای نجات روستای تایگاسویل از نقشه‌های شرورانه اتو ون والروس، به چالش می‌افتند.