جوخه جوجه‌ها داستان سه جوجه نجات‌دهنده را دنبال می کند. این تیم از سه جوجه که با هم خواهر و برادرند، تشکیل شده است: سوئیتی، خواهر فوق العاده قوی، کوپ، برادر مخترعشان و برادر کوچکتر بو کوچولو که اعتماد به نفس بالایی دارد. آنها در حال آموزش هستند که چطور به حیوانات دیگر جامعه کمک کنند.