داستان انیمیشن ماجراجویی های سونیک مانیا، درباره‌ی تلاش سونیک برای دسترسی به زمردهای آشوب است که اگمن نیز در پی آنها می‌باشد. سونیک تمام تلاش خود را می‌کند تا زودتر از اگمن به آن‌ها برسد و دست اگمن را از زمردها کوتاه گرداند.