انیمیشن کاپیتان سوباسا داستان زندگی سوباسا اوزورا، یک دانش‌آموز 11 ساله مدرسه ابتدایی است که رویای تبدیل شدن به بهترین بازیکن فوتبال جهان و کسب جام جهانی را دارد. سوباسا از سنین بسیار پایین به فوتبال علاقه‌مند شد و در حالی که این ورزش برای دوستانش تنها یک سرگرمی بود، برای او به یک اشتیاق تبدیل شد. برای دنبال کردن رویای خود، او به همراه مادرش به شهر نانکاتسو نقل مکان می‌کند، جایی که باید از بهترین توانایی‌های خود برای برجسته شدن استفاده کند. در این مسیر، سوباسا با چالش‌های متعددی روبرو می‌شود، از جمله رقبای سرسخت و مسابقات دشوار. او باید مهارت‌های جدیدی را یاد بگیرد و با ترس‌های خود روبرو شود تا بهترین شود و به هدف نهایی خود برسد. داستان این انیمیشن نمایشی از تلاش و پشتکار سوباسا در راه رسیدن به رویاهای بزرگ او است.