انیمیشن مهاجرت داستان خانواده‌ای از اردک‌ها را روایت می‌کند که در تلاش‌اند محیط امن خود را رها کنند. خانواده ملارد کمی در رکود و یکنواختی زندگی گرفتار هستند. دلیل این رخوت پدر مک است که تمایل دارد خانواده‌اش را برای همیشه در حوضچه‌های نیوانگلندشان ایمن نگه دارد؛ اما مامان پم مشتاق است همه چیز را تکان دهد و به بچه‌هایشان – پسر نوجوان داکس و دختر جوجه اردک – گوئن – تمام جهان را نشان دهد. پس از اینکه یک خانواده اردک مهاجر با داستان‌های هیجان‌انگیز از مکان‌های دوردست، در برکه‌شان فرود می‌آیند، پم مک را متقاعد می‌کند تا یک سفر خانوادگی از طریق شهر نیویورک، به جامائیکا گرمسیری را آغاز کنند.