نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود 72 ساعت تا حمله 250 هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.