بیست سال پس از انقلاب های جهان ماتریکس، نئو در جهان واقعی تحت نام خودش توماس اندرسون زندگی می کند. او دچار این مشکل می شود که آیا اتفاقاتی که تجربه می کند واقعی هستند یا همگی از توهمات او سرچشمه می گیرند پس تصمیم می گیرد که…