انیمیشن سریال بچه رئیس: فصل اول داستان تیموتی و برادر باهوش و جاسوسش، تد، را روایت می‌کند. بچه رئیس حالا باید بتواند با ایجاد تعادل بین کار و خانواده‌اش، زندگی جدیدی را شروع کند و ماموریت سازمان مخفیانه خود را نیز با موفقیت به انجام برساند.