هنگامی که آپریل اونیل تصادفاً به قرن نوزدهم ژاپن سفر می‌کند، لاک‌پشت‌های نینجا تلاش می‌کنند که او را به زمان حال بازگردانند. البته آنها برای تحقق این هدف، باید با لرد نوریناگای شرور مبارزه کنند و...