در انیمیشن سریال بچه رئیس: فصل سوم، ادامه ماجراهای تیموتی، برادر بزرگ بچه رئیس و کودکی غیرعادی و جاسوس که او را به عنوان بچه رئیس می‌شناسیم، را خواهیم دید. در هر قسمت داستانی تازه با مشکلاتی جدید منتظر آن‌ها است.