انیمیشن کوبو و دو همراه، درباره پسری ژاپنی است که به همراه مادر بیمارش در غاری نزدیک روستا زندگی می‌کند. کوبو تنها چیزی که از پدرش می‌داند، داستان‌هایی است که مادرش درباره‌ی جنگجویی‌ها و دلاوری‌هایش تعریف می‌کند. کوبو هر روز صبح پس از شنیدن داستان‌ها به میدان روستا می‌رود و با استفاده از حرکات جادویی، داست آن‌ها را برای مردم تعریف می‌کند اما زندگی کوبو تحت تأثیر انتقامی است که پدر بزرگش آن را می‌خواهد. پدر بزرگ کوبو که شاه شب نامیده می‌شود، در پی آن است که کوبو را از سرزمینی سرشار از درد و رنج جدا کند و به سرزمینی بدون درد و مشکل ببرد. از این رو پدر بزرگ کوبو، خاله‌های کوبو را برای گرفتن انتقام به سراغ او می‌فرستد. مادر کوبو در آخرین لحظه با جادو به پسرش بال‌هایی را می‌دهد تا به‌ وسیله‌ی آن‌ها کوبو فرار کند. کوبو به همراه دو دوستش یعنی آقای میمون و آقای سوسک وارد ماجرایی هیجان انگیز و فوق العاده برای پیدا کردن زره جادویی می‌شود. آقای میمون در این راه بشدت نگران کوبو است و از عقلش برای کمک کردن به او استفاده می‌کند. آقا سوسک با اینکه نادان است اما هر کاری را برای کمک کردن به کوبو انجام می‌دهد. حالا کوبو باید یاد بگیرد که چگونه بدون وجود والدینش و به تنهایی به یک سامورایی بزرگ و نیرومند تبدیل شود.