تام و جری با یک اثر موزیکال زیبا، اما این‌بار متحد برگشتند. داستان کارتون تام و جری : اژدهای گمشده، از جایی آغاز می‌شود که آن‌ها، یک تخم درخشان اسرارآمیز را پیدا می‌کنند. این تخم، از یک اژدهای بزرگ با نفس‌های آتشین دزدیده شده است. اما آن‌ها که اطلاعی از این موضوع ندارند، از تخم مراقبت می‌کنند. کمی بعد، بچه اژدها تخم را می‌شکند و به بیرون می‌آید. بچه اژدها که ابتدا تام را دیده، فکر می‌کند او مادرش است. حال مادر خشمگین اژدها، به دنبال پس گرفتن بچه‌اش است. اما او تنها نیست. یک جادوگر قدرتمند به نام دریزلدا، بچه اژدها را برای نقشه‌های شوم خود می‌گیرد. حال تام و جری، با کمک متحدان خود و حیوانات دیگر، باید با چنگ و دندان مقابل جادوگر بایستند.