داستان انیمه «بهشت کرکی»، درباره دختری به نام میدوری بوده که به طرز فاجعه باری کشته می‌شود. پس از اینکه او با الهه‌ای ملاقات و سرنوشتش باری دیگر در دنیای فانی رقم می‌خورد، اینبار در یک دنیای فانتزی و با قدرت‌های جادویی پدیدار می‌شود...