در سریال "خاندان نینجاها"، خانواده ای که آخرین نسل از نینجاها هستند سال هاست که از زندگی نینجایی خود فاصله گرفته اند؛ اما حالا باید برای حل بزرگ ترین بحران تاریخ ژاپن دوباره به ریشه های خود برگردند.