در سریال «ژاپن غرق شده» در پی وقوع چندین زلزله مهیب در کشور ژاپن، یک دانش آموز دوره متوسطه به نام آیومو، همراه با برادر کوچکش، تلاش می کنند که با اعضای خانواده و دوستانشان از شهر فرار کنند. این در حالی است که مجمع الجزایر ژاپن، به اعماق دریا فرو می روند و...