در انیمیشن «بچه های جاسوس: ماموریت ویژه»، وقتی که سازمان جنایی گلدن برین، با نقشه‌های شوم خود کل جهان را به خطر می‌اندازد، دو جاسوس مخفی، جونی و کارمن کرتز، ماموریت می‌یابند تا مانع آن‌ها شوند و سازمان گلدن برین را از بین ببرند…