داستان «باباهای رفیق»، درباره‌ی دو آدمکش به نام‌های کازوکی کوروسو و ری سووا است که با دختر بچه‌ای آشنا می‌شوند که در روز کریسمس به دنبال پدرش می‌گردد. اتفاقات طوری دست به دست هم می‌دهند که در آخر این سه نفر در کنار هم زندگی می‌کنند…