مستند مرز مهآلود، در خلال جنگ جهانی دوم و در شهریور ۱۳۲۰، با وجود اعلام بیطرفی ایران، نیروهای شوروی با هدف مقابله با جاسوسان آلمانی از شمال کشور و مرز اردبیل وارد خاک ایران میشوند و به سوی آذربایجان پیشروی میکنند، در این میان، حسینعلی صدآفرین، معاون وقت پاسگاه مرزی، بهتنهایی در برابر هجوم ارتش شوروی مقاومت و با آنان درگیر میشود، این در حالی است که به تمامی پاسگاهها دستور تلگرافی رسیده بود که از هرگونه درگیری با نیروهای شوروی خودداری کنند.