در انیمیشن بتمن نینجا در برابر لیگ یاکوزا بتمن پس از بازگشت به گاتهام متوجه می‌شود که یک جزیره شناور مرموز به نام هینوموتو به شهر سایه افکنده و توسط گروهی مرموز به نام لیگ یاکوزا اداره می‌شود. برای متوقف کردن تهدید جدید، او به این جزیره سفر می‌کند و با سوپرمنی که حالا رهبر لیگ یاکوزا شده، روبه‌رو می‌شود. نبردی حماسی میان بتمن و این دشمنان جدید آغاز می‌شود که سرنوشت گاتهام را تغییر خواهد داد....