انیمه توتوچان: دخترکی آن‌سوی پنجره، داستان دختربچه‌ای است که در دهه ۱۹۳۰ در ژاپن زندگی می‌کند ولی به دلیل رفتارهای غیرمعمول از مدرسه اخراج می‌شود و والدینش او را در مدرسه‌ای جدید ثبت‌نام می‌کنند اما با شروع جنگ جهانی دوم، مدرسه با چالش‌های متعددی مواجه شده و توتو-چان و هم‌کلاسی‌هایش با مشکلاتی مواجه می‌شوند.