فیلم ماهی سیاه کوچولو که در دهه شصت اتفاق می‌افتد، داستان زنی در شمال ایران را روایت می‌کند که به ماهی سیاه کوچولو معروف است. او برای گرفتن انتقام شوهرش که در قیام آمل کشته شده، در گروه چریکی مبارزان چپ‌گرا قرار گرفته است.