فیلم شکل آب، در دهه 1960 میلادی در یک موسسه تحقیقاتی سری، یک زن سرایدار تنها به نام الیزا که کر و لال هم هست، رابطه خاصی با یک موجود عجیب دو زیست پیدا می‌کند که به اسارت نیروهای نظامی درآمده است. نظامی‌ها باور دارند که این موجود خطرناک است و قصد نابود کردنش را دارند اما الیزا طور دیگری فکر می‌کند.