داستان انیمیشن پس از "بن تن: نیروی بیگانه" پیش می‌رود و یک سال بعد از وقایع سری قبلی را روایت می‌کند. دیگر "امنیتریکس" کاملا نابود شده است و بن باید یادبگیرد که چگونه در اسرار شگفت انگیز و مقایسه نشدنی آلتی ماتریکس جدید به استادی برسد و …