داستان اصلی Ghost in the Shell در خصوص دوره زمانی است که انسان‌ها قادر هستند، وسایل کامپیوتری در بدن خود کار بگذارند یا بعد از مرگ مغز‌های آن‌ها می‌تواند در یک ربات زنده بماند. دولت ژاپن نیروی ویژه‌ای متشکل از افسران سابق ارتش و پلیس‌های ماهر به نام بخش "امنیت عمومی ۹" به رهبری کاراکتر اصلی این مجموعه یعنی موتوکو کوساناگی ایجاد کرده که با تروریست‌ها مقابله کنند.