انیمه‌ی سنپای کوچک من راجع به یک کارمند اداری به نام شینوزاکی است که در محل کار خود با دختری دوست‌داشتنی و مهربان به نام شیوری کاتاسه آشنا می‌شود. شیوری که در کار از شینوزاکی ماهرتر است، وظیفه دارد که او را در انجام وظایفش راهنمایی کند؛ اما شینوزاکی که به او علاقه‌مند شده است، امیدوار است که کمک‌های او تنها از روی وظیفه نباشد.