داستان سریال "خرگوش سامورایی" درباره یک خرگوش نوجوان به‌نام "یویچی" است که تلاش می‌کند تا میراث خانوادگی‌اش را حفظ کند و آن را همچنان زنده نگه دارد. او در ماجراجویی‌های خود با یک شکارچی جایزه‌ بگیر سرکش، یک نینجا حیله‌گیر، یک بندباز جیب‌بر و یک مارمولک خانگی وفادار مواجه می‌شود و ...