در فیلم انیمیشنی «لاک پشت‌های نینجا: شورش جهش یافته‌ها»، پس از سال‌ها مخفی شدن، لاک پشت‌های نینجا تصمیم می‌گیرند به عنوان نوجوانان عادی ظاهر شوند، اما زمانی که تلاش می‌کنند مجرمان خطرناک شهر را پیدا کنند، با ارتشی از موجودات عجیب و جهش یافته روبرو می‌شوند…