داستان سریال آلیس آخرین سلاح در مورد یک دانش آموز انتقالی مرموز به نام گیو-وول و یک دانش آموز دبیرستانی آسیب دیده به نام یئو-ریوم است که با یکدیگر آشنا شده و رابطه‌ای عمیق میانشان شکل می‌گیرد. در این میان آن‌ها توسط یک سازمان جنایتکار تعقیب می‌شوند و…