داستان مستند سریالی امپراتوری شامپانزه ها در مورد زندگی و رشد گروه بزرگی از شامپانزه‌ها در جنگلی در اوگاندا است. در این جنگل آن‌ها باید راه خود را از بین قواعد پیچیده اجتماعی، روابط خانوادگی و همچنین مناقشات خطرناک منطقه‌ای، پیدا کرده و…