انیمیشن بچه های فضایی داستان سه کودک باهوش و جسور را روایت می‌کند که در یک سیاره دور افتاده زندگی می‌کنند. سیاره آنها زمانی سرسبز و پر از زندگی بود، اما پس از اینکه توسط کاوشگرانی بی ملاحظه از زمین گیاه ارزشمندی که حاوی انرژی حیاتی بود را نابود کردند، به یک بیابان ویران شده تبدیل شد. این سه کودک تصمیم می‌گیرند که امید خود را از دست ندهند و به دنبال گیاه افسانه‌ای بگردند که می‌تواند سیاره آنها را نجات دهد و ..