انیمیشن دختر ترسناک داستان دختری به نام آرکی را روایت می‌کند. آرکی، یک دختر 12 ساله با یک چشم نابینا و بازویی شبیه به شاخک در دنیایی تاریک و دورافتاده با پدرش، تاول زندگی می‌کند. زمانی که یک انفجار در جنگل اتفاق می‌افتد و تاول ناپدید می‌شود، آرکی تصمیم می‌گیرد به دنبال او برود و سفری ماجراجویانه به سمت شهر نور که پدرش در آن زندانی است، آغاز می‌کند.