داستان انیمیشن سیاره گنج در مورد نوجوان ماجراجویی به‌نام جیم هاکینز است که نقشه ی گنجی پیدا می‌کند. او برای رسیدن به سیاره گنج به خدمه‌ی کشتی فضایی آل ال لگسی و کاپیتان آملیا که در صدد یافتن سیاره گنج هستند می‌پیوندد. جیم بعد از مدتی با جان سیلور که در آشپزخانه کشتی کار می‌کن دوست می‌شود. اما جان سیلور یک ربات دزد دریایی است که در کشتی شورش بزرگی به راه می‌اندازد...