در ادامه قسمت اول، حیوانات باغ وحش نیویورک، شیری به نام الکس گورخری به نام مارتی، زرافه ای به نام مل مان و اسب آبی به نام گلوریا، همچنان در جزیره ماداگاسکار گیر افتاده اند و قصد دارند آنجا را سریعتر ترک کنند. بعد از آن ناگهان، وارد سرزمینی افریقایی می شوند. در آنجا، الکس خیلی زود با بقیه خانواده اش روبرو می شود و متوجه مشکل در برقراری ارتباط با آنها می شود، زیرا او مدت زیادی را در باغ وحش مرکزی شهر بوده و مانند خانواده اش رفتار نمی کند…