آلفونس و ادوارد الریک دو کیمیاگر از کیمیاگران ایالتی هستند. این کیمیاگران به تازگی توسط شخصیت مرموزی مورد هدف قرار گرفته اند و کشته می شوند چرا که او معتقد است کیمیاگران گناهکارانی لایق مجازاتند. آلفونس و ادوارد حالا در آسیب پذیر ترین حالت خودشان در مقابل این شخصیت مرموز هستند. در حین این درگیری بین کیمیاگران و شخصیت مرموز داستان، کوتوله ها نیز شروع به دوباره متولد شدن کرده اند و سر برآورده اند.