انیمیشن بزرگراه پنگوئن راجع به دانش آموز کلاس چهارمی به نام آیواما کان است که درباره علت مرموزی که پشت ماجرای ظهور ناگهانی پنگوئن ها در دهکده تحقیق می کند که به نوعی دلیلش قدرت دختری است که در کلینیک دندانپزشکی کار می کند. او در این مسیر با چالش های جذابی رو به رو می شود.