داستان انیمیشن در جستجوی نمو در مورد یک دلقک‌ ماهی به نام مارلین است که در مورد پسرش نمو زیادی حساس است. هنگامی که مارلین نمو را در اقیانوس گم می‌کند؛ با کمک گرفتن از ماهی به نام دوری، تلاش می‌کند تا او را پیدا کند. به تدریج و پس از یافتن نمو مارلین متوجه می‌شود که نباید آنقدر به او سخت می‌گرفت و ...